Ο Ναός έχει εμβαδόν περίπου 150 τετραγωνικών μέτρων και έχει κατασκευαστεί από πέτρα που εξορύχτηκε από το Άγιο Όρος και επεξεργάστηκε επιτόπου με μοναδικό σκοπό την αξιοποίησή της στο συγκεκριμένο έργο.

Ο τρούλος του Ναού είναι επίσης εξ ολοκλήρου κατασκευασμένος από την ίδια πέτρα. Στο ισόγειο του κτιρίου υπάρχει ένα αρχονταρίκι του οποίου η οροφή σχηματίζει θαυμάσιες τομές θόλων, σταυροθόλια, σφαιρικά τρίγωνα και αχιβάδες.

Για την κατασκευή του Ι.Ν. Αγίου Παϊσίου χρησιμοποιήθηκαν παραδοσιακά βυζαντινά υλικά όπου σε συνδυασμό με μια μοναδική τεχνοτροπία χτισίματος και την υποδειγματική εκτέλεση από το τεχνικό προσωπικό, δημιουργήθηκε ένας αξιοζήλευτος, μοναδικός  στο είδος του Ναός, σύμφωνα με τα λεγόμενα και τις κριτικές της Αγιορείτικης κοινότητας.